Początki nauczania etnologii na Uniwersytecie Jagiellońskim sięgają połowy XIX wieku, kiedy Wincenty Pol - profesor geografii, autor licznych i cennych prac etnograficznych - rozpoczął pierwsze w Polsce wykłady z etnografii powszechnej. W 1926 roku w ramach Studium Słowiańskiego UJ powstała Katedra Etnografii Słowian, której kierownictwo objął profesor Kazimierz Moszyński. W 1936 roku po odejściu prof.Moszyńskiego do Wilna Katedra została czasowo zlikwidowana. Reaktywacja działalności Katedry Etnografii Słowian, ponownie pod kierunkiem profesora Moszyńskiego nastąpiła po zakończeniu II Wojny Światowej. W 1950 roku Katedrę wcielono w skład powołanego wówczas Studium Historii Kultury Materialnej na Wydziale Filozoficzno-Historycznym. Od 1956 roku Katedra Etnografii funkcjowała już jako samodzielna jednostka.
Po śmierci Kazimierza Moszyńskiego w 1959 roku Katedrą kolejno kierowali:
- profesor Mieczysław Gładysz (1960-1973),
- profesor Jadwiga Klimaszewska (1973-1980),
- profesor Anna Zambrzycka-Kunachowicz (1981-1987),
- profesor Leszek Dzięgiel (1987-1999).
W 1995 roku w miejsce istniejącej dotąd Katedry został powołany Instytut Etnologii, przemianowany następnie na Instytut Etnologii i Antropologii Kulturowej. W kolejnych latach funkcję Dyrektora Instytutu pełnili:
- profesor Czesław Robotycki (1999-2008),
- profesor Zbigniew Libera (2008-2012),
- dr hab. Marcin Brocki (2012-2020).
Z początkiem roku akademickiego 2020/2021 funkcję Dyrektora jednostki objęła dr hab. Stanisława Trebunia-Staszel.
